Potrivit legii, misiunea CNFIS este aceea de a sprijini MEd în realizarea politicilor publice din domeniul învățământului superior prin elaborarea fundamentată a propunerilor de reglementări privind finanțarea universităților, prin stabilirea costului mediu per student echivalent pe cicluri și domenii de studii, prin înaintarea de propuneri pentru optimizarea finanțării învățământului superior, ca și prin verificarea periodică a eficienței gestionării fondurilor publice de către instituțiile de învățământ superior.
În realizarea misiunii sale, CNFIS pornește de la constatarea existenței unei contradicții între dezideratul legal potrivit căruia „(7) În România învăţământul constituie prioritate naţională” (LEN 1/2011, art.2) și realitățile concrete ale funcționării sistemului de învățământ superior. După 1990, învățământul superior din România a cunoscut două decenii de expansiune, de diversificare a ofertei educaționale și de extindere a rețelei instituționale. Cum nivelul resurselor financiare alocate din fonduri publice nu a crescut proportional cu aceasta expansiune, cele mai multe dintre instituțiile de învățământ superior se confruntă cu fenomene de subfinanțare, care explică, cel puțin în parte, faptul că nici o universitate din România nu se regăsește în Top 500 din ranking-urile internaționale. Totodată, instituțiile de învățământ superior din România se confruntă cu efectele tranziției demografice (scăderea severă a numărului tinerilor susceptibili să urmeze studii universitare), precum și cu riscul unei concurențe internaționale tot mai puternice (îndeosebi prin tentația efectuării studiilor de masterat și doctorat la instituții din străinătate).
Având în vedere această situație, CNFIS își propune să acționeze pentru a sprijini MEd și instituțiile de învățământ superior în direcția realizării următoarelor obiective de interes național:
- Transformarea învățământului superior din România într-un factor activ al creșterii economice și dezvoltării sociale a țării;
- Consolidarea instituțională și financiară a instituțiilor de învățământ superior, astfel încât acestea să dispună de mijloacele necesare pentru a putea îmbunătăți semnificativ calitatea activităților didactice și de cercetare.
În vederea atingerii acestor obiective strategice, CNFIS va acționa pentru:
- Conștientizarea factorilor de decizie și a opiniei publice asupra necesității sociale de a pune capăt subfinanțării acute a sistemului de învățământ superior și de a implementa strategii coerente de dezvoltare a universităților din România;
- Repartizarea judicioasă a resurselor financiare existente, conform politicilor naționale din domeniul educației și principiilor unei gestiuni responsabile a fondurilor publice;
- Stimularea prin mecanisme de finanțare a consolidării instituționale și a bunelor practici la nivelul diverselor instituții de învățământ superior, precum și a asumării de către aceste instituții a unui rol activ la nivel local și regional, astfel încât universitățile să devină un factor de incluziune și de coerență socială.
În activitatea sa, CNFIS va promova următoarele principii:
- principiul autonomiei universitare;
- principiul responsabilității publice;
- principiul eficienței manageriale și financiare;
- principiul transparenței;
- principiul echității;
- principiul asigurării calității.