Activitatea executivă a Consiliului Național pentru Finanțarea Învățământului Superior (CNFIS) este asigurată de Unitatea Executivă pentru Finanţarea Învăţământului Superior, a Cercetării, Dezvoltării şi Inovării UEFISCDI. Relaţia de colaborare a CNFIS cu Ministerul Educației Naționale (MEN) și Universitățile de Stat este permanentă. Ea este desfăşurată în principal cu Direcţia Generală Învăţământ Superior (DGIS) din cadrul MEN, şi cu informarea Direcţiei strategii de finanțare instituțională (DSFI). În ceea ce privește relația cu universitățile de stat, CNFIS prezintă necesitățile viitoare de finanțare precum și distribuția anuală a fondurilor bugetare pentru instituțiile de învățământ superior de stat.
Alte instituții și organizații partenere ale Consiliului Național pentru Finanțarea Învățământului Superior (CNFIS):
Instituții centrale:
CNCS (Consiliul Naţional al Cercetării Ştiinţifice)
CNATDCU (Consiliul Naţional de Atestare a Titlurilor, Diplomelor si Certificatelor Universitare)
ARACIS (Agenţia Română de Asigurare a Calităţii în Învăţământul Superior)
ANC (Autoritatea Naţională pentru Calificări)
Alte instituții:
Banca Mondială
INS (Institutul Național de Statistică)
ISE (Institutul de Științe ale Educației)
Organizații studențești:
ANOSR (Alianța Națională a Organizațiilor Studențești din România)